فيديو|الهيكل التنظيمي لحركة الجهاد في مصر
يتشكل هيكل تنظيم الحهاد المصري من عدة لجان، تشرف على التنظيم وأفراده من أهمها:
لجنة التنظيم الداخلي، والتي تختص بمتابعة أعضاء التنظيم داخل مصر، اللجنة الأمنية وتختص بجمع المعلومات والاتصال فيما بينهم وتحدد تكليفات كل عضو في التنظيم، لجنة العمل الخاص والتى تتولى النواحي العسكرية وكيفية تنفيذها وتتابع نشاط الأفراد في الداخل والخارج، لجنة الوثائق وهي المسؤولة عن إعداد مستلزمات قادة وأعضاء التنظيم من الأوراق الرسمية وبطاقات الهوية، اللجنة المالية وتتولى توفير الدعم المالي للتنظيم من مصادر محتلفة، وأخيرا اللجنة الشرعية وهي التي تختص بالعمل على إعداد الأبحاث الشرعية للتنظيم تجاه الأمور الفقهية.